La splendida e maestosa basilica romanica di San Nicola a Bari (Italia) non ebbe delle origini religiose come la maggior parte degli edifici ecclesiastici. Ma era un edificio civile, nel quale abitava il catepano bizantino. Questi era un qualcosa di mezzo fra il governatore dell’Italia bizantina ed il comandante militare. Dal 968, nel contesto delle riforme dell’imperatore Niceforo, Bari fu designata come residenza di questo rappresentante dell’imperatore. Cosa che si protrasse fino al 1071, quando la città dopo tre anni di assedio aprì le porte al conquistatore normanno Roberto il Guiscardo.
Dato che i Normanni si muovevano piuttosto fra Salerno e Palermo, Bari perdette il ruolo di capitale, e con esso anche gran parte del commercio. Questo stava entrando sempre più in crisi man mano che i musulmani occupavano l’Asia Minore. Quando nel 1085 anche la principale città partner commerciale, cioè Antiochia, cadde nelle mani dei musulmani, i baresi tentarono quel colpo di mano grazie al quale si impadronirono delle reliquie di San Nicola (che si trovavano appunto sulla loro normale rotta commerciale, cioè la costa meridionale di quella che oggi è la Turchia.
Le reliquie vennero ospitate provvisoriamente presso il monastero di San Benedetto retto dall'abate Elia, il quale promosse subito l'edificazione di una nuova grande chiesa per ospitarle. Fu scelta l'area che sino a pochi anni prima aveva ospitato il palazzo del catapano bizantino, distrutto durante la ribellione per le libertà comunali. I lavori furono avviati a luglio dello stesso anno. Il 1º ottobre 1089 le reliquie furono trasferite nella cripta della basilica da papa Urbano II giunto appositamente a Bari.
La costruzione della basilica, frutto di almeno tre fasi successive, si concluse nel 1197, anno a cui risale una pergamena che parla della Basilica già "constructa".
Fino al Concordato del 1929 la basilica era Chiesa palatina, ossia di patronato Reale ed esente dalla giurisdizione dei vescovi locali.
Nel 1968, Paolo VI elevò il tempio alla dignità di basilica pontificia promulgando la costituzione apostolica Basilicae Nicolaitanae, motivato dal contributo e "dall'impulso al movimento ecumenico.
La basilica ricevette inoltre un intervento di restauro tra il 1925 e il 1930 che ne rimosse le sovrastrutture barocche, fu restaurata la cripta che conserva le reliquie del santo e fu ripristinato lo stile romanico pugliese.